Obratiti pažnju na alergije, bronhijalnu astmu, oštećenje bubrega i jetre, poremećaje krvi, nedostatak folata, porfiriju, poremećaj metabolizma (spori acetilator), trudnice i dojilje. Moguća pojava teške dijareje (pseudomembranozni kolitis). Trajanje terapije treba biti što kraće, posebno kod starijih pacijenata. Potrebno je redovno kontrolisati krvnu sliku kod dugotrajne primene. Tokom terapije unositi dosta tečnosti. Moguća pojava prekomernog rasta gljivica i neosetljivih mikroorganizama. Hemofagocitna limfohistiocitoza je retka, ali ozbiljna komplikacija.
Kada se lek ne sme koristiti
Preosetljivost na sulfametoksazol, trimetoprim ili pomoćne supstance; erythema exsudativum multiforme, Stevens-Johnson sindrom, toksična epidermalna nekroliza; urođeni nedostatak glukoza-6-fosfat dehidrogenaze; akutna porfirija; novorođenčad sa hiperbilirubinemijom ili nedostatkom G6PD; izraženo oštećenje jetre; teška bubrežna insuficijencija (klirens kreatinina <15 mL/min); megaloblastna anemija usled nedostatka folata; prevremeno rođene bebe i odojčad u prvih šest nedelja života; poslednji trimestar trudnoće; istovremena primena sa dofetilidom.